Бортничі згадуються вперше в документі 1508 — купчому записі про продаж бортної землі з селом толмачем (перекладачем) Салтаном Албієвичем Пустинно-Микільському монастирю (колишні землі напівкнязівські). Фіксу­ються в документах 1585 і 1598 про розмежування земель між Пустинно-Микільським та Печерським монасти­рями (село належало Пустинно-Микільському монастиреві). Є згадка про спорудження у ньому в 15 ст. храму Пресвятої Богородиці коштом монасиря. Право на володіння Бортничами 1689 та 1778 підтверджувалося ро­сійськими царями. 1786 Бортничі пе­рейшли у казенну власність, у цей час Пустинно-Микільському монасти­реві в селі належали: шинок, заїзний двір з хатами та будівлями, хутір Тростянецький з будівлями, пасікою, риб­ні лови та водяний млин на р. Млинна, озера Пласке, Піщане, Святище, сіно­жаті, орна земля — 20 ланів, 4 гаї. Інтенсивне зростання села припадає на 19 ст. У 1766 тут проживало 156 жи­телів, 1859 — 159 дворів, 833 жителі; 1897 — 304 двори, 1524 жителі; 1917 — 487 і 2577. У 1892 відкрито сільське народне училище (55 учнів, 1900 — 75 учнів). В радянський час село зроста­ло: 1923 — 2706 жителів, 1926 — 7778, а внаслідок колективізації 1931 насе­лення зменшилося до 3124 жителів. 1902—03 Бортничі входили до Бро­варської, 1903—23 — до Микільсько- Слобідської волості Остерського пов. Чернігівської губ., 1923—27 — до Бро­варського, 1927—30 — до Київського р-ну Київського округу, 1930—37 — Київської приміської смуги. 1937 кіль­ка місяців перебувало в складі Борис­пільського р-ну Київської обл., 1937— у складі Броварського р-ну, 1941, 1943—88 — Бориспільського р-ну, 1988 включено до складу Києва.